Да, возвращаются.

Необходимо заполнить заявление о возврате. Это Приложение 1,2 или 3 к приказу ФТС России от 22 декабря 2010 г. № 2520. Какое приложение заполнять, зависит от ситуации (переплата, возврат обеспечения..). Собрать комплект документов.
К заявлению о возврате прилагаются следующие документы:
1) платежный документ по которому произведена излишняя уплата;
2) копия свидетельства о постановке на учет в налоговом органе;
3) копию свидетельства о государственной регистрации;
4) документ, подтверждающий полномочия лица, подписавшего заявление о возврате;
5) образец подписи лица, подписавшего заявление о возврате авансовых платежей, засвидетельствованный в нотариальном порядке либо заверенный таможенным органом при предъявлении оригинала документа, удостоверяющего личность лица, подписавшего заявление.
Всё это либо нотариально заверять и отправлять в конверте в таможню или руководителю лично явиться с оригиналами документов.

Если в таможенный орган ранее представлялись документы (учредительные), плательщик вправе не представлять такие документы повторно, сообщив сведения о представлении в таможенный орган таких документов и об отсутствии в них изменений.

Всё прописано в ст. 129, 147, 148 Федерального закона от 27 ноября 2010 г. № 311-ФЗ «О таможенном регулировании в Российской Федерации»  и бланки приложений там же можно скачать.

Долгий это процесс, к сожалению

"До двух недель" это какая таможня так быстро возвращает: Санкт-Петербургская или Балтийская?

Ну, иногда возвращаются немаленькие суммы. Например, из обеспечения. Можно и месяцок подождать. )))